在《半条命3》中，戈登·弗里曼重返黑暗世界，与联合军展开终极对决。故事始于一次意外的时空裂缝，将戈登卷入合并之乱。他必须联手前盟友，穿越反叛军与传说的失落实验室，揭开G-Man的阴谋。途中，引力枪获得新能力，可操纵时空碎片，对抗巨型合成兽。最终，戈登在北极圈触发反物质炸弹，撕裂维度，但代价是自我放逐。悬念留下：G-Man的微笑预示着更大的危机。