在云南深山，植物学家林浩为研究濒危红豆杉偶遇当地女孩阿依。阿依世代守护着千年红豆杉，视其为神树。林浩被阿依的纯真与执着打动，两人共同对抗盗伐者，保护这片原始森林。一次山洪中，林浩为救红豆杉苗受伤，阿依悉心照料，情愫暗生。最终，他们不仅守护了红豆杉，还带领村民发展生态旅游，让爱与自然共生。千年红豆杉见证了一段跨越世俗的纯美爱情，也传递出人与自然和谐共处的永恒主题。