高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药后，身体缩小成小学生模样，化名江户川柯南，寄住在毛利小五郎家中。他一边追查黑衣组织的线索，一边破解各种离奇案件。在一次案件中，柯南遇到了一位神秘女子，她似乎知道组织的秘密，却因车祸失忆。柯南在保护她的同时，发现她身上隐藏着与组织首领有关的重大阴谋。随着调查深入，柯南逐渐接近真相，却发现自己也陷入了生死危机。最终，在一场惊心动魄的对决中，柯南利用智慧与勇气，成功揭露了组织的一个据点，但也意识到更大的黑暗正在逼近。